Mục tiêu quan trọng nhất của việc đầu tư theo hình thức BOT là huy động nguồn vốn ngoài Nhà nước để có nhiều vốn đầu tư phát triển giao thông. Nhưng trên thực tế, kể từ khi ban hành Nghị định, trong rất nhiều dự án (D.A), đối tác là các doanh nghiệp (DN) Nhà nước. Điều này giảm đi rất nhiều hiệu quả huy động vốn. Cũng bởi hình thức huy động vốn ngoài ngân sách, nên từ trước đến nay các D.A BOT thường chỉ áp dụng hình thức chỉ định thầu.
 

Theo bà Nguyễn Thuý Loan, Giám đốc một DN tư nhân chuyên đầu tư xây dựng giao thông ở Thái Nguyên, một trong những lý do của tình trạng này là do chưa có những tiêu chí rõ ràng để từ đó có thể xác định được nhà đầu tư tốt nhất. Cho dù hình thức BOT phải sử dụng chủ yếu nguồn vốn của nhà đầu tư, nhưng Nhà nước vẫn phải bỏ ra không ít kinh phí cho nhiều D.A này.
 

Ngay các D.A đang triển khai cũng có rất nhiều vấn đề phải bàn. D.A đường ô tô cao tốc Hà Nội - Hải Phòng do cơ chế, chính sách chưa đồng bộ nên phải mất rất nhiều thời gian, kể cả khi D.A đã được khởi công vẫn không đàm phán xong tổng mức đầu tư, dòng vốn cấp cho D.A theo tiến độ, nguồn vốn huy động và điều kiện vay vốn, đến lợi nhuận kinh doanh từ quỹ đất và các dịch vụ khác… Chính vì những vướng mắc đó mà khởi công hơn 5 tháng, hợp đồng mới được ký kết.
 

Cho dù hình thức là BOT, chủ đầu tư đường ô tô cao tốc Hà Nội - Hải Phòng lại có được cơ chế đặc biệt thường chỉ áp dụng cho các D.A theo phương thức BT (xây dựng - chuyển giao), xây dựng cả một số khu đô thị, công viên dọc tuyến để hoàn vốn. Mới đây, chủ đầu tư đã được UBND TP Hà Nội chấp thuận về nguyên tắc cho phép quy hoạch 1.200ha khu đô thị - công viên Gia Lâm nhằm góp phần thu hồi vốn xây 105km đường cao tốc.
 

Một siêu D.A khác cũng đầu tư theo hình thức BOT là D.A xây dựng cầu Đồng Nai, khởi công vào đầu tháng 6/2008. Mặc dù chủ đầu tư D.A là Tổng Cty Xây dựng số 1 (Bộ Xây dựng) nhưng cũng như nhiều D.A khác, chưa hoàn thành đã gặp rắc rối. Theo kế hoạch, phải đến tháng 10/2009, D.A mới có thể hoàn thành nhưng nhà đầu tư đã tính đến chuyện thu phí ngay từ đầu năm. Chủ đầu tư lý giải cho việc làm này là do tổng mức đầu tư D.A xây dựng cầu Đồng Nai quá lớn, nếu đợi đến tháng 10/2009 mới thu phí, thời gian nộp phí sẽ phải kéo dài.
 

Đầu tư vào lĩnh vực giao thông vốn được coi là hết sức phức tạp, nhiều rủi ro, đặc biệt trong thời điểm biến động giá. Tuy nhiên, các D.A cầu Yên Lệnh (Hưng Yên), cầu Ông Thìn, cầu Bình Triệu (khu vực TP Hồ Chí Minh), tỉnh lộ 16 - tỉnh Đồng Nai, cầu Rạch Miễu, quốc lộ 2 đoạn Nội Bài - Vĩnh Yên và rất nhiều tuyến tránh trên quốc lộ 1A trong những năm vừa qua vẫn thu hút được nhiều nhà đầu tư. Điều đó cho thấy BOT giao thông vẫn hấp dẫn. Nhưng, như đã nói, cần một cơ chế đồng bộ để việc huy động vốn và triển khai các D.A đạt được hiệu quả như mong muốn.