Theo cam kết trong Hiệp định, Việt Nam phải cắt giảm và xóa bỏ thuế quan đối với 8.771 dòng thuế trong tổng số 9.390 dòng thuế của biểu thuế nhập khẩu hiện hành.
 

Tại thời điểm ban hành Thông tư 83/2009/TT-BTC (ngày 28/4/2009), trong số 8.771 dòng thuế, sẽ có khoảng 2.300 dòng thuế có mức thuế suất nhập khẩu ưu đãi đặc biệt (AJCEP) thấp hơn so với mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi (MFN) hiện hành, tập trung vào các nhóm mặt hàng như: Nguyên liệu và các sản phẩm dệt may, sắt thép, kim loại và các sản phẩm sắt thép, máy móc thiết bị, phương tiện vận tải, giấy, nhựa, cao su, hóa chất, khoáng sản, thực phẩm chế biến, sản phẩm thực vật, động vật, dụng cụ thiết bị quang học…
 

Trong trường hợp thuế suất MFN của một mặt hàng qui định tại Biểu thuế nhập khẩu ưu đãi thấp hơn mức thuế suất AJCEP thì mức thuế suất thuế nhập khẩu áp dụng cho mặt hàng này sẽ là mức thuế suất MFN (trong trường hợp này doanh nghiệp không phải nộp Giấy chứng nhận xuất xứ mẫu AJ cũng như đáp ứng các điều kiện khác nêu trong Thông tư này).
 

Theo Bộ Tài chính, kể từ ngày 12/6/2009 (ngày Thông tư có hiệu lực), hàng hóa nhập khẩu sẽ được áp dụng thuế suất AJCEP nếu đáp ứng tất cả các điều kiện nêu tại Điều 2 của Thông tư này. Những hàng hóa thuộc tờ khai hàng nhập khẩu đăng ký với cơ quan Hải quan từ ngày 1/12/2008 - 11/6/2009, nếu đáp ứng đủ các điều kiện để áp dụng mức thuế suất AJCEP thì được bổ sung C/O mẫu AJ và các chứng từ khác có liên quan theo qui định tại Điều 3 của Thông tư để được tính lại thuế và xử lý tiền thuế nhập khẩu.